Федеральное государственное бюджетное учреждение науки
ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК


Группа биоинформатики и функциональной геномики
Состав группы:

А.Е. Виноградов (дбн, внс), О.В. Анацкая (кбн, снс)

Основное направление работы - изучение функционального значения общей структуры генома. Под общей структурой генома имеются ввиду такие параметры как количество, внутригеномное распределение и особенности последовательности некодирующей ДНК, процент ГЦ пар и физические свойства ДНК, размер и стуктура генов, генные и геномные дупликации, эволюция структуры генома. Изучается связь между этими параметрами и особенностями генной экспрессии, а также другими фенотипическими признаками. В последнее время мы занимаемся также генными (белковыми) модулями и сетями, их эволюцией и тканеспецифичностью.

Группа проводила рецензирование для журналов Science, Chemical Rev, PLoS Biology, Trends Genet, PNAS, Genome Res, Genome Biol, Nucleic Acids Res, Bioinformatics, Hum Mol Genet, Mol Biol Evol, BMC Evol Biol, Genetics, Evolution, PLoS Genetics, Am J Physiol, J Mol Evol, J Mol Cellular Cardiol, Gene, BBA, Genome, Pediatrics, Int J Cardiol, BioTechniques, J Theor Biol, Genet Select Evol, Chromosome Res, Biol J Linn Soc, Zool Sci, Cerebellum, и фондов National Science Foundation (NSF USA), German Science Foundation (DFG), Biotechnol & Biol Sci Res Council (BBSRC UK).

Цитирование руководителя группы в Web of Science >1700, хирш 25.


Основные публикации с 2001 года:

Анацкая О.В., Эренпрейса Е.А., Никольский Н.Н., Виноградов А.Е. 2015.Попарно-перекрестное сравнение транскриптомов млекопитающих в исследовании влияния полиплоидии на активность экспрессии генных модулей развития. Цитология (в печати).

Vinogradov A.E. 2015. Accelerated pathway evolution in mouse-like rodents involves cell cycle control. Mammalian Genome (in press).

Vinogradov A.E. 2015. Consolidation of slow or fast but not moderately evolving genes at the level of pathways and processes. Gene 561: 30-34.

Анацкая О.В., Матвеев И.В., Сидоренко Н.В., Харченко М.В., Кропотов А.В., Виноградов А.Е. 2013. Изменения в сердце неонатальных крыс после криптоспоридиозного гастроэнтерита разной степени тяжести. Ж. эвол. биох. и физиол. 49: 357-365.

Анацкая О.В., Сидоренко Н.В., Матвеев И.В., Кропотов А.В., Харченко М.В., Виноградов А.Е. 2013. Пороговый ответ кардиомиоцитов неонатальных крыс на постепенное усиление криптоспоридиозной инвазии. Цитология 55: 527-538.

Vinogradov A.E. 2013. Density peaks of paralog pairs in human and mouse genomes. Gene 527: 55-61.

Анацкая О.В., Сидоренко Н.В., Матвеев И. В., Кропотов А.В., Виноградов А.Е. 2012. Ремоделирование кардиомиоцитов крысы после неонатального криптоспоридиоза. II. Деформация, избыточная полиплоидия и гиперэкспрессия HIF-lα. Цитология 54: 609-620.

Vinogradov A.E. 2012. Human more complex than mouse at cellular level. PLoS One 7: e41753.

Vinogradov A.E. 2012. Minority of mammalian orthologs can be regarded as physiologically closest genes. Gene 509: 201-205.

Vinogradov A.E. 2012. Large scale of human duplicate genes divergence. J. Mol.Evol. 75: 25-33.

Анацкая О.В., Матвеев И.В., Сидоренко Н.В., Харченко М.В., Кропотов А.В., Виноградов А.Е. 2011. Ремоделирование кардиомиоцитов крысы после неонатального криптоспоридиоза. I. Изменение соотношения изоформ тяжелых цепей миозина. Цитология 53: 848-858.

Anatskaya O.V., Vinogradov A.E. 2010. Somatic polyploidy promotes cell function under stress and energy depletion: evidence from tissue-specific mammal transcriptome. Funct. Integr. Genomics 10: 433-446.

Vinogradov A.E. 2010. Human transcriptome nexuses: basic-eukaryotic and metazoan. Genomics 95: 345-354.

Anatskaya O.V., Sidorenko N.V., Beyer T.V., Vinogradov A.E. 2010. Neonatal cardiomyocyte ploidy reveals critical windows of heart development. Int. J. Cardiol. 141: 81-91.

Vinogradov A.E. 2010. Systemic factors dominate mammal protein evolution. Proc. Roy. Soc. B 277: 1403-1408.

Анацкая О.В., Виноградов А.Е. 2010. Особенности метаболизма полиплоидных клеток млекопитающих по данным биоинформатического анализа. Цитология 52: 52-62.

Vinogradov A.E., Anatskaya O.V. 2009. Loss of protein interactions and regulatory divergence in yeast whole-genome duplicates. Genomics 93: 534-542.

Vinogradov A.E. 2009. Global versus local centrality in evolution of yeast protein network. J. Mol. Evol. 68: 192–196.

Vinogradov A.E. 2008. Modularity of cellular networks shows general center-periphery polarization. Bioinformatics 24: 2814-2817.

Анацкая О.В., Виноградов А.Е. 2008. Полиплоидия в сердце: защита и слабость. Химия и жизнь 9: 34-37.

Vinogradov A.E., Anatskaya O.V. 2007. Organismal complexity, cell differentiation and gene expression: human over mouse. Nucleic Acids Res. 35: 6350-6356.

Anatskaya O.V., Vinogradov A.E. 2007. Genome multiplication as adaptation to tissue survival: Evidence from gene expression in mammalian heart and liver. Genomics 89: 70-80.

Anatskaya O.V., Sidorenko N.V., Vinogradov A.E., Beyer T.V. 2007. Impact of neonatal cryptosporidial gastroenteritis on epigenetic programming of rat hepatocytes. Cell Biol. Int. 31: 420-427.

Vinogradov A.E. 2006. 'Genome design' model and multicellular complexity: golden middle. Nucleic Acids Res. 34: 5906–5914.

Vinogradov A.E., Anatskaya O.V. 2006. Genome size and metabolic intensity in tetrapods: a tale of two lines. Proc. Roy. Soc. Lond. B 273: 27-32.

Vinogradov A.E. 2006. "Genome design" model: evidence from conserved intronic sequence in human-mouse comparison. Genome Res. 16: 347-354.

Анацкая О.В., Виноградов А.Е. 2005. Зачем клеткам сердца "лишние" геномы? Наука в России 5: 46-51.

Vinogradov A.E. 2005. Dualism of gene GC content and CpG pattern in regard to expression in the human genome: magnitude versus breadth. Trends Genet. 21: 639-643.

Vinogradov A.E. 2005. Noncoding DNA, isochores and gene expression: nucleosome formation potential. Nucleic Acids Res. 33: 559-563.

Vinogradov A.E. 2005. Genome size and chromatin condensation in vertebrates. Chromosoma 113: 362-369.

Анацкая О.В., Виноградов А.Е. 2004. Полиплоидия: значение для функции кардиомиоцитов и потенциала работы сердца. Цитология 46: 105-113.

Anatskaya O.V., Vinogradov A.E. 2004. Paradoxical relationship between protein content and nucleolar activity in mammalian cardiomyocytes. Genome 47: 565-578.

Anatskaya O.V., Vinogradov A.E. 2004. Heart and liver as developmental bottlenecks of mammal design: evidence from cell polyploidization. Biol. J. Linn. Soc. 83: 175-186.

Vinogradov A.E. 2004. Testing genome complexity. Science 304: 389-390 [letter].

Vinogradov A.E. 2004. Compactness of human housekeeping genes: selection for economy or genomic design? Trends Genet. 20: 248-253.

Vinogradov A.E. 2004. Evolution of genome size: multi-level selection, mutation bias or dynamical chaos? Curr. Opin. Genet. Devel. 14: 620-626.

Vinogradov A.E. 2004. Genome size and extinction risk in vertebrates. Proc. Roy. Soc. Lond. B 271: 1701-1705.

Vinogradov A.E., Anatskaya O.V. 2004. Phenological resonance and quantum life-history. J. Theor. Biol. 228: 417-420.

Vinogradov A.E. 2003. Selfish DNA is maladaptive: evidence from the plant Red List. Trends Genet. 19: 609-614.

Vinogradov A.E. 2003. DNA helix: the importance of being GC-rich. Nucleic Acids Res. 31: 1838-1844.

Vinogradov A.E. 2003. Isochores and tissue-specificity. Nucleic Acids Res. 31: 5212-5220.

Vinogradov A.E. 2003. Silent DNA: speaking RNA language? Bioinformatics 9: 2167-2170.

Anatskaya O.V., Vinogradov A.E. 2002. Myocyte ploidy in heart chambers of birds with different locomotor activity. J. Exp. Zool. 293: 427-441.

Vinogradov A.E. 2002. Growth and decline of introns. Trends Genet. 18: 232-236.

Anatskaya O.V., Vinogradov A.E., Kudryavtsev B.N. 2001. Cardiomyocyte ploidy levels in birds with different growth rates. J. Exp. Zool. 289: 48-58.

Vinogradov A.E. 2002. Growth and decline of introns. Trends Genet. 18: 232-236.

Vinogradov A.E. 2001. Bendable genes of warm-blooded vertebrates. Mol. Biol. Evol. 18: 2195-2200.

Vinogradov A.E. 2001. Intron length and codon usage. J. Mol. Evol. 52: 2-5.

Vinogradov A.E. 2001. Within-intron correlation with base composition of adjacent exons in different genomes. Gene 276: 143-151.

Vinogradov A.E. 2001. Mirrored genome size distributions in monocot and dicot plants. Acta Biotheoretica 49: 43-51.

Vinogradov A.E., Anatskaya O.V., Kudryavtsev B.N. 2001. Relationship of hepatocyte ploidy levels with body size and growth rate in mammals. Genome 44: 350-360.

Избранные публикации 1990-2000:

Vinogradov A.E. 2000. Larger genomes for molluskan land pioneers. Genome 43: 211-212.

Vinogradov A.E. 1999. Intron-genome size relationship on a large evolutionary scale. J. Mol. Evol. 49: 376-384.

Vinogradov A.E. 1999. Mountain ridges on adaptive landscapes and the predictability of evolution. Oikos 85: 79-82.

Vinogradov A.E. 1999. Genome in toto. Genome 42: 361-362.

Vinogradov A.E., Chubinishvili A.T. 1999. Genome reduction in a hemiclonal frog Rana esculenta from radioactively contaminated areas. Genetics 151: 1123-1125.

Vinogradov A.E. 1999. Chromatin signal in genome size measurement. Cytometry 37: 243-245.

Виноградов А.Е. 1999. Парадокс размера генома и проблема избыточной ДНК. Цитология 41: 5-13.

Анацкая О.В., Виноградов А.Е., Кудрявцев Б.Н. 1998. Уровни плоидности миоцитов в разных отделах сердца птиц. Цитология 40: 359-371.

Vinogradov A.E. 1998. Buffering: a possible passive-homeostasis role for redundant DNA. J. Theor. Biol. 193: 197-199.

Vinogradov A.E. 1998. Genome size and GC-percent in vertebrates as determined by flow cytometry: the triangular relationship. Cytometry 31: 100-109.

Vinogradov A.E. 1998. Variation in ligand-accessible genome size and its ecomorphological correlates in a pond snail. Hereditas 128: 59-65.

Vinogradov A.E. 1998. Male reproductive strategy and decreased longevity. Acta Biotheoretica 46: 157-160.

Vinogradov A.E. 1997. Nucleotypic effect in homeotherms: body mass-independent resting metabolic rate of passerine birds is related to genome size. Evolution 51: 220-225.

Vinogradov A.E. 1997. Fine structure of gene frequency landscapes in domestic cat: the Old and New Worlds compared. Hereditas 126: 95-102.

Vinogradov A.E. 1995. Cell membrane-dependent chromatin condensation. Cytometry 19: 183-188.

Vinogradov A.E. 1995. Nucleotypic effect in homeotherms: body mass-corrected basal metabolic rate of mammals is related to genome size. Evolution 49: 1249-1259.

Anatskaya O.V., Vinogradov A.E., Kudryavtsev B.N. 1994. Hepatocyte polyploidy and metabolism/life-history traits: hypotheses testing. J. Theor. Biol. 168: 191-199.

Vinogradov A.E. 1994. Measurement by flow cytometry of genomic AT/GC ratio and genome size. Cytometry 16: 34-40.

Vinogradov A.E. 1994. Locally associated alleles of cat coat genes. J. Heredity 85: 86-91.

Vinogradov A.E. 1994. Cell allomery. American Naturalist 143: 932-935.

Vinogradov A.E., Borkin L.J. 1993. Allometry of base pair-specific DNA contents in Tetrapoda. Hereditas 118: 155-163.

Vinogradov A.E., Borkin L.J., Gunther R., Rosanov J.M. 1991. Two germ cell lineages with genomes of different species in one and the same animal. Hereditas 114: 245-251.

Vinogradov A.E., Borkin L.J., Gunther R., Rosanov J.M. 1990. Genome elimination in diploid and triploid Rana esculenta males: cytological evidence from DNA flow cytometry. Genome 33: 619-627.

   |  Главная  |  Научные подразделения  |